黑面琵鷺保護區位於曾文溪出海口北岸，面積約300公頃。此區由上游帶來豐富的營養源，成為多樣性的河口生態體系，每年吸引大量的候鳥停棲覓食，其中以本地為主要度冬棲地的黑面琵鷺，每年9月從北方陸續來此度冬，於隔年春天北返。為免除此一珍貴的自然資源遭受破壞，於民國91年11月由臺南縣政府公告劃設為野生動物保護區。