行政院農業委員會特有生物研究保育中心於民國98年4月接管原屬於臺南縣政府的「黑面琵鷺保育研究中心」，並設置「七股研究中心籌備處」，作為濕地生態研究試驗站。同年12月接管「黑面琵鷺保育管理中心」並改名為「黑面琵鷺生態展示館」，館內規畫有展示區、多媒體室、特展室及觀景平臺。